Ministerstwo Zdrowia tłumaczy, że nowelizacja ma uprościć i doprecyzować procedury tworzenia programu polityki zdrowotnej, a także zapewnić standaryzację podejmowanych działań. Programy będą mogły powstać na podstawie ujednoliconych dokumentów opublikowanych przez Agencję Oceny Technologii Medycznych i Taryfikacji (AOTMiT). Samorządy, które zastosują się do takiej dokumentacji, nie będą już musiały uzyskiwać opinii AOTMiT.
Jak podkreśla Ministerstwo Zdrowia, należy jasno powiedzieć, że czym innym jest wdrożenie do realizacji programu, a czym innym finansowanie programu. W komunikacie podanym na stronie resortu czytamy, że w przepisach jest mowa o doprecyzowaniu, w jakiej sytuacji mamy do czynienia z naruszeniem dyscypliny finansów publicznych, a nie o kontrolowaniu wydatków samorządów. Za naruszenie dyscypliny finansów publicznych będzie uważane zaciągnięcie zobowiązania w związku z realizacją programu w dwóch przypadkach. Jednym z nich jest sytuacja, kiedy nie pozyskano opinii prezesa AOTMIT co do projektu tego programu, drugim – gdy projekt programu uzyskał negatywną opinię.
Nowelizacja umożliwi też zawieszenie, w całości lub w części, realizacji programu zdrowotnego w przypadku braku możliwości jego finansowania lub ograniczenia środków finansowych na jego realizację. Program musiałby zostać wznowiony po ustaniu przyczyn zawieszenia. Jeśli w ciągu dwóch lat program nie zostanie wznowiony, wówczas jego realizacja zostanie uznana za zakończoną, a podmiot go realizujący będzie obowiązany do złożenia raportu końcowego. Program będzie też mógł zostać zakończony w przypadku wystąpienia okoliczności wskazujących na niecelowość jego dalszej realizacji, np. jeśli pojawią się nowe doniesienia naukowe dotyczące danej choroby.