Niedługo minie rok, od kiedy radioterapia protonowa stała się procedurą dostępną w kraju dzięki instalacji nowoczesnego synchrotronu w Instytucie Fizyki Jądrowej w Krakowie. Rozpoczęciu działalności klinicznej ośrodka towarzyszyły bardzo duże trudności organizacyjne oraz emocje, widoczne także w mediach. Spowodowane to było specyficzną sytuacją, jaką stworzyło ulokowanie synchrotronu w Instytucie Fizyki Jądrowej, czyli jednostce, która nie prowadzi działalności medycznej ani nie jest do tego przygotowana. Koniecznością było zawarcie porozumienia ze szpitalem onkologicznym, który wziąłby na siebie całość działań medycznych związanych z leczeniem przy użyciu wiązki protonów. Naturalnym partnerem w tym zakresie jest Centrum Onkologii Oddział w Krakowie, czyli najbliżej położony, pełnoprofilowy ośrodek onkologiczny dysponujący kadrą specjalistów radioterapii i odpowiednim zapleczem. Zawarcie porozumienia okazało się trudne, ale do problemów związanych z ustaleniem zasad współpracy nie ma co wracać. Ważne jest, że Centrum Onkologii uzyskało kontrakt na realizowanie napromieniania wiązką protonów, ustalono zasady współpracy z Instytutem Fizyki Jądrowej i w październiku 2016 roku rozpoczęto leczenie chorych.