Minister finansów rozwiewa wątpliwości lekarzy dotyczące KSeF

W odpowiedzi na pismo Śląskiej Izby Lekarskiej resort finansów szczegółowo wyjaśnił zasady wprowadzenia Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) i zakres obowiązków, które od 2026 r. będą dotyczyć również lekarzy prowadzących działalność gospodarczą. Interpretacja Ministerstwa Finansów jest ważna zwłaszcza dla świadczeniodawców, którzy mają wątpliwości, kiedy i czy w ogóle muszą wystawiać faktury przez KSeF.

Co to jest KSeF?

KSeF to centralny system elektronicznego wystawiania, przechowywania i udostępniania faktur ustrukturyzowanych w Polsce, prowadzony przez Ministerstwo Finansów. Ma on ujednolicić dokumenty VAT i zautomatyzować rozliczenia podatkowe między przedsiębiorcami, a także instytucjami publicznymi. 

System, który działał dobrowolnie, stanie się obowiązkowy dla firm w 2026 r., po wielu latach testów i pilotażu. 

Kiedy KSeF stanie się obowiązkowy?

Ministerstwo Finansów potwierdza, że obowiązek korzystania z KSeF zaczyna się od 1 lutego 2026 r. dla dużych podatników i jest stopniowo rozszerzany na pozostałych przedsiębiorców. Harmonogram obowiązku wygląda następująco:

• 1 lutego 2026 r. – największe firmy zobowiązane są do wystawiania e-faktur przez KSeF.

• 1 kwietnia 2026 r. – obowiązek obejmuje inne podmioty zarejestrowane do VAT.

• 1 stycznia 2027 r. – najmniejsi podatnicy, np. praktyki o niskich obrotach lub fakturach o małej wartości, również będą musieli korzystać z systemu. 

Do momentu pełnego wdrożenia korzystanie z KSeF było fakultatywne – przedsiębiorcy mogli wystawiać faktury tradycyjnie lub przez system. 

Co minister finansów wyjaśnia lekarzom?

1. Obowiązek fakturowania przez KSeF

Ministerstwo przypomina, że obowiązkowe e-fakturowanie obejmie czynności, które zgodnie z ustawą o VAT wymagają faktury. Dotyczy to transakcji między przedsiębiorcami (B2B) oraz między przedsiębiorcami a instytucjami publicznymi (B2G).

Lekarz prowadzący działalność gospodarczą, który sprzedaje usługi innemu przedsiębiorcy, musi wystawiać faktury właśnie przez KSeF. To wynika z ogólnych zasad stosowania e-faktur w obrocie gospodarczym.

2. Zwolnienia od VAT a fakturowanie

Minister finansów potwierdza:

„Podatnik, w tym także lekarz/lekarz dentysta, nie jest obowiązany do wystawiania faktur w odniesieniu do sprzedaży zwolnionej od podatku na podstawie art. 106b ust. 2 ustawy o VAT”.

Innymi słowy: jeżeli dana usługa jest zwolniona z VAT, lekarz formalnie nie musi wystawiać faktury – chyba że pacjent lub kontrahent zażąda jej w odpowiednim terminie.

„Wystawienie faktury na żądanie nabywcy jest wymagane, jeśli żądanie to zostało zgłoszone w terminie 3 miesięcy, licząc od końca miesiąca, w którym dostarczono towar lub wykonano usługę”.

To oznacza, że w przypadku świadczeń zwolnionych lekarz nie musi jej wystawiać, jeśli nabywca nie zgłosi żądania w czasie.

3. Faktury na rzecz pacjenta (B2C)

Jeśli pacjent zażąda faktury, lekarz może, ale nie musi, wystawić ją przez KSeF – to rozwiązanie dobrowolne w relacjach z konsumentami.

Dla wielu lekarzy kluczowe jest to, że fakturowanie dla osób fizycznych pozostaje elastyczne: lekarz decyduje, czy użyje nowego systemu, czy tradycyjnej metody wystawienia dokumentu.

Czy KSeF to ryzyko ujawnienia danych medycznych?

W publikacjach prasowych zauważono, że opisanie zakresu usług na fakturach przesyłanych do KSeF może prowadzić do obaw o naruszenie tajemnicy zawodowej, co poruszane było w kontekście zawodów z tajemnicą, takich jak prawnicy. Także wielu lekarzy obawia się, że KSeF może prowadzić do monitorowania rodzaju świadczonych usług. W praktyce system wymaga jedynie danych niezbędnych do rozliczeń VAT, a nie szczegółowych informacji medycznych. Nazwa usługi na fakturze nie musi zawierać diagnozy ani opisu stanu zdrowia pacjenta – wystarczy ogólne określenie świadczenia (np. „usługa medyczna – konsultacja”). Ważne jest jednak, aby lekarze zachowali ostrożność przy opisywaniu usług, ponieważ to, co wpisze wystawca faktury, może być widoczne dla administracji podatkowej.

Jednocześnie warto podkreślić, że obawy dotyczą przede wszystkim lekarzy wystawiających faktury B2B (prywatne praktyki, spółki medyczne, kontrakty z firmami) – a takich jest obecnie większość. Natomiast medycy pracujący wyłącznie na etatach w szpitalach i przychodniach rzadko wystawiają faktury i w praktyce nie są bezpośrednio objęci obowiązkiem ich wystawiania w KSeF.

Wyłączenia czasowe – ulga do końca 2026 r.

Ministerstwo podkreśliło, że czasowo, do 31 grudnia 2026 r., z obowiązku wystawiania faktur w KSeF wyłączeni zostają m.in.:

• podatnicy, których łączna sprzedaż brutto w miesiącu nie przekracza 10 000 zł,

• faktury wystawiane przez kasy rejestrujące, w tym paragony fiskalne z NIP do 450 zł, uznane za faktury.

Takie przejściowe rozwiązania dają lekarzom prowadzącym małą praktykę więcej czasu na dostosowanie się do nowego systemu. 

Szkolenia i pomoc 

Resort finansów informuje o prowadzonej kampanii informacyjnej i szkoleniach („Środy z KSeF”). Ma ona pomóc podatnikom w przygotowaniu się do obowiązku. Materiały szkoleniowe i pomoc są dostępne na oficjalnej stronie KSeF, udzielają jej także pracownicy urzędów skarbowych.

Podsumowanie dla medyków

- KSeF będzie obowiązkowy, gdy lekarz wystawia fakturę w obrocie gospodarczym (B2B lub B2G).

- Faktury związane z usługami medycznymi zwolnionymi z VAT nie muszą być fakturowane, chyba że pacjent/kontrahent wystąpi o nią w ustawowym terminie.

- Faktury na rzecz pacjenta prywatnego mogą być wystawione przez KSeF, ale nie jest to obowiązkowe.

- Istnieją czasowe wyłączenia i okresy przejściowe do końca 2026 r., które mogą odroczyć obowiązek dla mniejszych praktyk.