Sprawa dotyczyła Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego, który w 2011 roku zawarł z Ministerstwem Zdrowia umowę dotyczącą określenia potrzeb w zakresie profilaktyki i leczenia próchnicy w Polsce. Badania przeprowadzono u pacjentów w trzech grupach wiekowych, a ich wyniki, wraz z opisem, interpretacją oraz raportem końcowym, wykorzystane zostały do opracowania materiałów edukacyjnych z zakresu promocji zdrowia i profilaktyki próchnicy dla 16 województw w Polsce.

Zdaniem uczelni opisana usługa powinna korzystać ze zwolnienia z VAT, bo realizuje cel związany z profilaktyką, zachowaniem, ratowaniem, przywracaniem i poprawą zdrowia (obecnie podobne zwolnienie wynika z art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy o VAT – przyp. red.). Nie zgodził się z tym jednak dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie, a także Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, do którego trafiła skarga uczelni na interpretację indywidualną. Sąd uznał bowiem, że celem tych usług nie było działanie ukierunkowane na ochronę zdrowia osób badanych, lecz opracowanie materiałów edukacyjnych z zakresu promocji zdrowia i zapobiegania (profilaktyki) próchnicy.

Potwierdza to wskazany przez uczelnię zakres świadczonych usług, czyli m.in.: przygotowanie narzędzi badawczych do badań stomatologicznych, określenie metodyki kosztów przeprowadzenia badań, sporządzenie raportu końcowego oraz dokonanie analizy wyników wraz z ich interpretacją i opisem oraz recenzjami naukowców.

W odpowiedzi uczelnia złożyła skargę kasacyjną do NSA, który ją jednak oddalił (sygn. akt I FSK 1247/13). Uznał, że najważniejsze znaczenie dla możliwości zastosowania zwolnienia ma zasada bezpośredniości. Aby usługa mogła być zwolniona z VAT, musi bowiem służyć ochronie i przywracaniu zdrowia konkretnych pacjentów. – Tu zaś nie chodziło o ochronę zdrowia badanych osób, ponieważ pacjenci byli przypadkowi, a nadrzędny był aspekt edukacyjny – powiedział sędzia NSA Roman Wiatrowski.