Profilaktyka próchnicy jest niezmiernie ważnym zagadnieniem, które powinno towarzyszyć pacjentom na każdym etapie leczenia. Nowo wyrznięte zęby trzonowe są szczególnie podatne na atak bakterii z powodu licznych bruzd i zagłębień na ich powierzchni. Aby zapobiec wystąpieniu próchnicy, przeprowadza się m.in. takie zabiegi jak lakowanie, czyli uszczelnianie brud i szczelin materiałem kompozytowym na bazie żywicy bis-GMA (bisphenol A-glycidyl methacrylate) lub materiałem szkłojonomerowym, bądź lakierowanie, czyli aplikacja na powierzchnię zębów lakieru fluorkowego.