Szwedzcy uczeni przeprowadzili prospektywne badanie oceniające skład ilościowy i jakościowy flory bakteryjnej jelit u niemowląt i jego związek z występowaniem chorób alergicznych w wieku szkolnym. W tym celu pobierali próbki kału od niemowląt w pierwszym tygodniu życia, w pierwszym miesiącu życia i w 12. miesiącu życia, a następnie poddawali analizie próbki za pomocą specjalnego genetycznego testu mikrobiologicznego (barcoded 16S rDNA 454 pyrosequencing). W 7. r.ż. zbierano od dzieci i ich opiekunów szczegółowy wywiad pod kątem chorób alergicznych i wykonywano punktowe testy skórne z powszechnie występującymi w środowisku alergenami. Do analizy statystycznej włączono 20 dzieci z IgE-zależnym wypryskiem, który wystąpił w pierwszych dwóch latach życia oraz 28 dzieci bez klinicznych objawów alergii i astmy do 2. r.ż. Siedmioletni okres obserwacji z 48 dzieci ukończyło 47, z których 17 w pierwszym roku życia otrzymywało probiotyki (od 1.-3. dnia życia do zakończenia 12. m.ż.), a pozostałe placebo. Obserwowana grupa brała udział w większym badaniu nad profilaktyką alergii u dzieci w grupach ryzyka i z tego powodu dzieci otrzymywały Lactobacillus reuteri lub placebo. Wszystkie były karmione naturalnie co najmniej do 1. m.ż. i nie otrzymały antybiotykoterapii przed ukończeniem 1. m.ż.

W 7. r.ż rodzice wypełniali kwestionariusz dotyczący występowania chorób alergicznych bazujący na kwestionariuszu z badania ISAAC (International Study of Asthma and Allergies in Children) dla grupy wiekowej 6-7 lat, uzupełniony o pytania na temat objawów żołądkowo-jelitowych, stosowania antybiotyków i probiotyków w ostanim miesiącu, liczebności rodziny, obecności w domu zwierząt i biernego narażenia na dym tytoniowy. Podczas wizyty pielęgniarka wypełniała dodatkowy kwestionariusz jednolity dla całego badania, przeprowadzała badanie fizykalne oraz spirometrię i pomiar poziomu tlenku azotu w powietrzu wydychanym. Astma była rozpoznawana na podstawie aktualnych objawów, testu odwracalności obturacji lub patologicznego poziomu FeNO, bądź aktualnej diagnozy lekarskiej, u dzieci z objawami astmy lub leczonych przeciwastmatycznie w ostatnich 12 miesiącach, co oznacza, że dzieci z remisją astmy od co najmniej roku w analizie statystycznej traktowane były jak zdrowe. Rozpoznanie alergicznego nieżytu nosa bazowało na kryteriach kwestionariusza ISAAC (wodnisty wyciek z nosa co najmniej dwukrotnie w kontakcie z tym samym alergenem i brak objawów infekcji). Pokrzywkę alergiczną rozpoznawano, gdy wystąpiła co najmniej dwukrotnie w kontakcie z alergenem, a wyprysk definiowano jako przewlekłą lub przewlekle nawracającą nieinfekcyjną chorobę skóry ze świądem, z typowymi objawami i ich dystrybucją zgodnie z kryteriami Hanifina i Rajki. Wyprysk IgE-zależny rozpoznawano, jeśli niemowlę miało dodatnie testy skórne z alergenami.

W 7. r.ż częstość astmy w badanej grupie wyniosła 17 proc. (8/47), alergicznego nieżytu nosa 28 proc. (13/47), wyprysku 26 proc. (12/47), pokrzywki alergicznej 9 proc. (4/47), dodatnich testów skórnych 34 proc. (14/47), a IgE-zależnego wyprysku skóry 27 proc. (11/41). Dzieci chorujące na astmę w wieku szkolnym miały mniejszą różnorodność flory bakteryjnej w 1. tygodniu i 1. miesiącu życia niż dzieci niechorujące na astmę, ale później ta zależność zanikała. Nie udało się wykazać związku między różnorodnością flory bakteryjnej jelit a zapadalnością na inne choroby alergiczne i dodatnimi testami skórnymi być może z powodu małej liczebności grup, natomiast wykazano taką zależność jeszcze dla dzieci, które w okresie niemowlęctwa miały rozpoznany IgE-zależny wyprysk, a później zachorowały na astmę oskrzelową.