NSA zajął się sprawą na wniosek chirurga urologa. Był on pomysłodawcą, twórcą i realizatorem przedsięwzięcia biznesowego, którego celem było utworzenie niepublicznego zakładu opieki zdrowotnej, w którym stosowana będzie określona metoda postępowania w neurogennej dysfunkcji pęcherza moczowego. Jego wkładem do spółki był know-how dotyczący tej metody. W zamian za to lekarz otrzymał w spółce udziały o wartości nominalnej 800 tys. zł.

Lekarz nie prowadził działalności gospodarczej, a w zeznaniu rocznym za 2005 rok wykazał przychód w tej samej wysokości co koszty (czyli 800 tys. zł), dzięki czemu nie miał dochodu do opodatkowania.

Urząd kontroli skarbowej jego rozliczenie zakwestionował. Uznał, że podatnik nie mógł zaliczyć do kosztów wydatków na wytworzenie wkładu niepieniężnego do spółki w postaci know-how. Z tego powodu od podstawy opodatkowania wynoszącej 800 tys. zł urząd nakazał lekarzowi zapłacić podatek. Zdaniem fiskusa koszty związane z objęciem udziałów w zamian za wkład niepieniężny w postaci know-how mogą bowiem wystąpić jedynie pod warunkiem, że podatnik przed tym zdarzeniem wprowadził dany składnik majątku do ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych. Tego bowiem wymaga art. 22a-22n ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.

Lekarz bezskutecznie odwołał się od tej decyzji i w końcu złożył skargę do sądu. Jego zdaniem organy podatkowe pozbawiły go prawa do odliczenia nakładów poniesionych na zdobycie określonej wiedzy i umiejętności tylko dlatego, że nie ujął ich w ewidencji środków trwałych. Tymczasem nie zrobił tego, bo nie prowadził działalności gospodarczej, a know-how zdobył w związku z wykonywanym przez niego zawodem.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie nie podzielił jednak jego zdania. Zgodził się z organami podatkowymi, że skoro nie wprowadził nakładów na know-how do ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, to dochód będzie równy przychodowi.

Ten właśnie wyrok uchylił Naczelny Sąd Administracyjny. „To, że podatnik nie prowadził działalności gospodarczej, ani nie amortyzował wartości niematerialnych i prawnych, nie oznacza, że jest pozbawiony prawa do opodatkowania dochodów i musi opodatkować przychód” – stwierdził przewodniczący orzekającego składu sędzia NSA Stefan Babiarz.

Uznał, że podatnik, który wnosi określoną wartość niematerialną i prawną do powstałej spółki, ma również prawo do pomniejszenia przychodów o koszty. Będzie nim faktyczna wysokość poniesionych wydatków. Zdaniem sędziego wynika to wprost z art. 22 ust. 1e pkt 3 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Zgodnie z nim, jeśli podatnik otrzymuje udziały w spółce w zamian za wkład niepieniężny, to ma prawo do kosztów uzyskania przychodów w wysokości faktycznie poniesionych wydatków, o ile już wcześniej nie zaliczył ich do kosztów.

W wyroku z 27 maja 2015 roku (sygn. akt II FSK 993/13) NSA uchylił zaskarżony wyrok w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania przez WSA w Warszawie oraz zasądził od dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie na rzecz lekarza kwotę 3817 zł jako zwrot kosztów postępowania kasacyjnego. Orzeczenie jest prawomocne.