Takie zaświadczenie wydawane jest na wniosek podatnika, który można sporządzić samodzielnie lub skorzystać z druku opracowanego przez dany urząd skarbowy. Ważne jest, aby precyzyjnie określić w nim treść żądania, czyli wskazać, jakie informacje mają być potwierdzone. Aby uzyskać zaświadczenie, trzeba wnieść opłatę skarbową w wysokości 21 zł. Dowód wpłaty należy dołączyć do składanego wniosku albo dostarczyć w ciągu trzech dni od jego złożenia.

Zaświadczenie o niezaleganiu w podatkach jest wystawiane na podstawie dokumentacji urzędu skarbowego oraz informacji otrzymanych od innych organów podatkowych w ciągu siedmiu dni. Odzwierciedla ono aktualny stan wiedzy fiskusa o sytuacji wnioskodawcy. Jeżeli jednak lekarz prowadzi z urzędem skarbowym np. spór o wymiar podatku, może mieć problem z uzyskaniem dokumentu. Jego sytuacja dodatkowo zależy od tego, na jakim etapie jest spór.

Jeżeli lekarz złoży wniosek w trakcie pierwszoinstancyjnego postępowania dotyczącego ustalenia lub określenia wysokości zobowiązań podatkowych, ale przed wydaniem rozstrzygnięcia, urząd nie będzie miał podstaw do odmowy wystawienia zaświadczenia. W tej sytuacji możliwe są dwa scenariusze.

Jeżeli zgromadzony materiał dowodowy pozwala na zamknięcie sprawy przed upływem terminu wydania zaświadczenia, decyzja powinna określić wysokość zobowiązań podatkowych, aby można ją było wykazać w zaświadczeniu. Jeżeli jest to niemożliwe – urząd skarbowy wystawia zaświadczenie o niezaleganiu w podatkach i zamieszcza w nim informację o toczącej się sprawie.

Lekarz nie uzyska natomiast zaświadczenia o niezaleganiu w podatkach, jeżeli wydano już decyzję stwierdzającą istnienie zaległości podatkowej, od której podatnik się odwołał, a nie nadano jej rygoru natychmiastowej wykonalności. Takie rozstrzygnięcie jest nieostateczne i nie podlega realizacji do czasu rozstrzygnięcia sprawy przez organ odwoławczy. Oznacza to jednak tylko, że spornej kwoty nie można w żaden sposób dochodzić. Należy ją natomiast traktować jako zaległość podatkową.

Przeszkodą w uzyskaniu wspomnianego zaświadczenia nie są za to zaległości podatkowe objęte odroczeniem lub układem ratalnym. Do dnia upływu ustalonego terminu płatności podatnik nie ma zadłużenia. Jeżeli go jednak nie dotrzyma – nie uzyska dokumentu potwierdzającego brak zaległości.