Choroba autoimmunizacyjna tarczycy powstaje u osób z predyspozycją genetyczną, u których własny antygen – receptor TSH, peroksydaza tarczycowa, tyreoglobulina – jest rozpoznawany jako obcy, stanowiący cel do zwalczania poprzez uruchomienie systemu odpowiedzi immunologicznej z produkcją przeciwciał niszczących lub stymulujących.

Jawną postacią choroby autoimmunizacyjnej z nadczynnością tarczycy jest choroba Gravesa-Basedowa, na drugim biegunie jest niedoczynność tarczycy – choroba Hashimoto. Często współistnieje z innymi schorzeniami o tej samej etiologii – cukrzycą typu 1, niedoczynnością kory nadnerczy, anemią Addisona-Biermera, niedoczynnością przytarczyc. U kobiet może się pojawić wcześniejsze wygaśnięcie czynności jajnika, stąd potrzeba informowania młodych chorych o podejmowaniu wczesnych planów prokreacji. Stygmatem choroby autoimmunizacyjnej jest bielactwo, łysienie plackowate. Chorzy ci są z tego powodu obserwowani do końca życia.