Sukces odniesiony w walce z chorobami zakaźnymi zawdzięczamy przede wszystkim ich profilaktyce – zarówno czynnej, jak i biernej. Fundamentem czynnego uodparniania przeciwko patogenom są szczepienia indukujące odpowiedź własną organizmu. Z kolei odporność bierna polega na podaniu pacjentowi preparatu gotowych przeciwciał i ma największe znaczenie zwłaszcza w przypadkach, gdy nieuodporniony pacjent znalazł się w sytuacji ekspozycji na chorobę zakaźną o dłuższym czasie wylęgania i potrzebuje natychmiastowego zabezpieczenia przed rozwojem zakażenia. Mamy wówczas do czynienia z tak zwaną profilaktyką poekspozycyjną (PEP – post-exposure prophylaxis). Najczęściej dzieli się ją ze względu na okoliczności, w jakich doszło do narażenia na materiał zakaźny. Na tej podstawie wyróżnia się:

• profilaktykę zawodową (gdy do ekspozycji doszło w trakcie wykonywania czynności służbowych), w której uwzględnia się przede wszystkim zakażenia krwiopochodne
• profilaktykę niezawodową (gdy do ekspozycji doszło w okolicznościach niezwiązanych z wykonywaną pracą, np. ekspozycja seksualna, pogryzienie przez dzikie zwierzę, transmisja wertykalna).

Decyzja o rodzaju postępowania poekspozycyjnego jest wypadkową analizy tego, jakie jednostki chorobowe wiążą się z daną ekspozycją, oceny częstości ich występowania, ryzyka transmisji, statusu serologicznego osoby eksponowanej oraz osoby źródłowej, a także możliwości zastosowania i dostępności środków prewencyjnych lub leczniczych. Zwykle osoba narażona na kontakt z drobnoustrojem jest w chwili ekspozycji jeszcze zdrowa (lub przynajmniej bezobjawowa). W ramach profilaktyki poekspozycyjnej podaje się zarówno leki przeciwdrobnoustrojowe, jak i immunoglobuliny lub szczepienia. Źródłem zakażenia jest najczęściej inny człowiek, ale może być nim także zwierzę czy środowisko. Najczęstsze wirusowe i bakteryjne choroby zakaźne, dla których opracowano zasady profilaktyki poekspozycyjnej, zostały przedstawione w tabeli 1.  

Profilaktyka zakażeń wirusami zapalenia wątroby typu B i C (HBV – hepatitis B virus, HCV – hepatitis C virus) oraz ludzkim wirusem niedoboru odporności (HIV – human immunodeficiency virus) dotyczy przede wszystkim sytuacji narażenia w trakcie wykonywania czynności służbowych (ewentualnie, rzadziej, transmisji wertykalnej i seksualnej) i zwykle stanowi przedmiot opracowań poświęconych profilaktyce zawodowej. Pozostałe najczęstsze choroby wirusowe zostaną omówione w dalszych częściach artykułu.