Perforacje korzeni mogą występować w wyniku procesów patologicznych takich jak resorpcja czy próchnica lub jatrogennie – w trakcie leczenia endodontycznego: podczas używania instrumentów ręcznych bądź obrotowych, w trakcie preparacji tkanek zęba w celu wykonania wkładu koronowo-korzeniowego albo korony protetycznej. Najczęstszą przyczyną powstania perforacji jest brak zgodności osi długiej wiertła z osią zęba. Narzędzie rotacyjne preparuje wtedy nadmierną ilość zębiny, niezgodnie z przebiegiem kanału korzeniowego. Konieczna jest, zawsze przed wykonaniem trepanacji bądź przystąpieniem do leczenia re-endo, wnikliwa ocena zdjęć radiologicznych w celu zapoznania się z warunkami anatomicznymi zęba. W literaturze medycznej częstość perforacji korzeni podczas leczenia kanałowego wynosi od 2 do 12 proc. Wśród perforacji jatrogennych 53 proc. występuje podczas opracowywania przestrzeni pod wkład koronowo-korzeniowy, natomiast pozostałe 47 proc. to wynik błędów w trakcie leczenia kanałowego.

Przyczynami perforacji korzeni pochodzenia jatrogennego najczęściej są następujące błędy podczas preparacji tkanek zęba:

• brak wykonania odpowiedniego dostępu do jamy zęba,
• użycie siły podczas wprowadzania narzędzi,
• zbyt szybkie wprowadzenie na długość roboczą narzędzi o dużym rozmiarze,
• praca bez powiększenia.